矩形頂管軟件工具管與周邊的砂土相互之間直接接觸，因為砂土重力的作用，軟件工具管上邊將難以避免的始終有一層不規則的土粘在上邊，這等同于變著法子導致軟件工具管斷面積比管路斷面積大，這個裂縫通常由上層砂土下沉填充，進而造成地面塌陷。因而要在機頭殼體頂部注漿，造成泥漿膜，減少砂土與殼體的摩擦，防止背土發生。

　　軸線控制是矩形頂管頂進的一大難題。頂管在正常頂進施工過程中，必須密切注意頂進軸線的控制在每節管節頂進結束后，必須進行機頭的姿態測量，并確保隨偏隨糾，且糾偏量不宜過大， 以防止砂土出現過大的擾動及管節間出現張角。

　　矩形頂管掘進機在推進過程中難以避免地造成機頭旋轉，施工中常常利用糾偏裝置、壓漿、變角切口來解決機頭旋轉。

　　矩形頂管機頭與施工土層的接觸面積要超過同等截面的圓形機頭，故要求的頂力也超過后者。應通過理論計算和設置泥漿套等技術措施來設計合理的頂力。

　　矩形頂管掘進機在進出工作井洞口時，因洞口空隙封堵不立即造成水土流失和正面砂土倒塌，會造成過大的地層損失和地面塌陷，宜對洞口止水框和橡膠止水板有較高要求，確保有非常好的止水實際效果。